Marcalit, mint települést 1274-ben említi egy okirat. Első, név szerint ismert plébánosát, Istvánt egy 1333-as pápai tizedjegyzékből ismerjük. Így, a templom és a plébánia alapításának ideje a XIV. század elejére tehető.
A marcali plébániatemplom első írásos említése 1404-ből való, amelynek védőszentje Szt. Ányos volt. A Magyarországon kevésbé ismert, nyugati szent tiszteletét a kutatók a környék francia származású, bencés szerzeteseinek hatására, illetve a települést birtokló Marczaly család bencések iránti tiszteletére vezetik vissza.
1566-tól török megszállás alá került a település, s pusztulásra jutottak mind lakói, mind temploma. A hódoltság után 1722-ben szervezték meg a plébániát, anyakönyvezés 1724-től létezik, a templomot pedig 1730 táján építették újjá.
A történeti és régészeti kutatások a marcali templom évszázadai során történt át- és újjáépítések sorát tárták föl. Így a román, a gótikus és a barokk stílusjegyek egyaránt megtalálhatók az épületen. A templom 1700 fő befogadására alkalmas, védőszentje 1737 óta Gyümölcsoltó Boldogasszony.
Az épület egyhajós, hajójával azonos szélességű, trapézzáródású szentéllyel rendelkezik. A főhomlokzat előtt háromszintes torony áll falazott, tagolt sisakkal. A déli homlokzaton kétszintes lépcsős, gótikus támpillérek és falazott gótikus bejárata van. Szentélye a hajónál magasabb, homlokzata lizénákkal – a fal síkjából alig kiemelkedő, díszítő jellegű, pillérszerű sávval – tagolt. Déli oldalán kegyúri oratórium, északi oldalán sekrestye található. A hajóban három szélesebb és három keskenyebb, szakaszos fiókos dongaboltozatot alakítottak ki. Szentélyében két csehboltozat és hevederekkel tagolt félkupola látható. A sekrestye és az előtér csehboltozatos. A hajóban háromnyílásos, fiókos dongával alátámasztott karzat kapott helyet.
A bejárati kapuszárnyak barokk-koriak. A XVIII. századi órapárkányos torony 25 méter magas. Két harangja közül a nagyobbik 5 mázsás. Felirata szerint: „öntetett Pest városában 1836. Eszt. Öntötte Eberhard Henrik” Széchényi Pál gróf és a hívek költségén. A kisebbik harang 1925-ben készült, egy mázsát nyom. Felirata: „Magyarok Nagyasszonya könyörögj érettünk”.
A főoltáron látható festmény az Angyali üdvözletet ábrázolja, alkotója Hans Gustav Dittenberger. Jelzése: Dittenberger Bécsből való műérték. Ezt az oltárképet 1933-ban Medek Gyula festőművész restaurálta. Szintén ő hozta rendbe a hajó északi falán – közel a kórushoz – függő másik képet is, melynek alkotója Jakobey Károly. Az 1873-ból származó olajfestmény a Rózsafüzér királynőjét jeleníti meg.
A főoltár domborműves, ezüstözött tabernákulum-ajtaja iparművészeti remekmű, amely jobb szárnyának belső oldalán az alábbi véset olvasható: „Isten dícsőségére Szent István évében 1938. készítette Hikman Béla műlakatos Marczali.”
A templom szentélyét 1897-1898-ban átépítették. A további építési munkálatokat a két világháború megakadályozta. A torony 1929-ben kapott betonsisakot. A templom liturgikus terének átrendezésére 1975-76-ban került sor.
Új fejezet kezdődött a rendszerváltozás után a templom történetében: a 2000-es jubileumi szentévre teljesen megszépült külsővel köszöntötte az ezredfordulót.
2004-ben megvalósult egy álom: a Marcali Városi Helytörténeti Múzeum szakmai irányításával, Historia Ecclesiae Marcaliensis címmel, egyháztörténeti állandó kiállítás jött létre a templom oratóriumában. Szintén 2004-ben egy szép Mária szobor került a templomba, az egyik hívő adományából. Fatimából érkezett a fából készült alkotás, amely a fatimai kegyszobor hiteles másolata. Vida Endréné kőfaragó márványoltárt épített a szobor alá.
2007-ben a régi megdőlt kereszt helyére új templomkereszt került.
A folyamatos felújítási és modernizálási folyamatnak köszönhetően új bejárati ajtó és padok készültek, kerámiafűtéses rendszer került beszerelésre, falszigeteléssel és belső falfestéssel szépítették a szent helyet, illetve megvalósult a templom külső díszkivilágítása is. Marcali Város Önkormányzata 52 regiszteres orgonát ajándékozott az egyházközség számára. A liturgiákat hangosító és kivetítő berendezések segítik. Több alkalommal a Magyar Rádió is élő istentiszteletet sugárzott Marcali város Gyümölcsoltó Boldogasszony Plébániatemplomából.
