A Balatonhoz közeli, a tó mocsárvilágából kiemelkedő Marcali-hátság megtelepedésre alkalmas helyet nyújtott a különböző történeti korok emberének. A város történetének legrégibb tárgyi emlékeit a gimnázium honismereti körének diákjai gyűjtötték össze dr. Gál József tanár, muzeológus vezetésével. A leletek arról tanúskodnak, hogy már az újkőkorban éltek ezen a tájon. A régészeti elemzések alapján az úgynevezett dunántúli régebbi vonaldíszes kerámia kultúrájából hátrahagyott edények töredékei kerültek elő Marcali-Lókpusztáról és a mai benzinkút környékéről. Néhány cserép a bükki kultúra jellegzetességeit viseli magán, míg Boronkán a Sopot-Bicske kultúra nyomait találták meg. Az i.e. 3300-3000 közötti időszakra már a lengyeli kultúra emlékei jellemzőek. A neolitikum végét jelző időszakban kezdenek feltűnni az első apró arany- és réztárgyak. A késői rézkor emberei is bizonyítottan megtalálták itt az életfeltételeiket. A bronzkorból a zóki és a kisapostagi kultúra cserepei ismertek és az ún. "mészbetétes díszű edények kultúrája" is képviselteti magát egy cseréppel. A bronzkor végén (a mai Boronkán) az urnasíros kultúra népe már ismerte a vasat. A római korban a Savaria-Sopianae út érintette Marcali környékét. Ebből az időszakból néhány tégla, csipesz és egy kis bronzérem került elő a föld mélyéből. Az Árpád-kor marcali vonatkozásairól már lényegesen többet tudunk. Az 1274. szeptember 9-én keltezett oklevél szerint László comes fia János eladta Lók nevű birtoka egy részét Iseph fia János comesnek, 150 márka ezüstért. A birtokhatárok felsorolásakor említik - többek közt - a "morzoli" népeket és a Marcel szőlője nevű földrajzi nevet. A Marcel - a latin Marcus egyik változata - tehát a település névadója lehet, eszerint a Marcali elnevezés azt jelenti, hogy Marcel tulajdona, birtoka. A XIV. század elején már családnévként is szerepel a Marcali elnevezés. A Pécz nembeli Gergely kaphatott itt birtokot 1275 körül, hadi érdemei elismeréséül. A nemzetségnek ez az ága később felvette a Marczali nevet. A XIV. század elejéről ismerjük a Hosszúfaluból származó Marczali Ivanchou nevét, aki egyik őse lehetett a későbbi nevezetes Marczali családnak. Az egyik legbecsesebb középkori forrásunk, a pápai tizedjegyzék szerint, 1333-ban 9 garast és 20 kisdénárt fizetett Marcali papja, István. Ebből feltételezhető, hogy jelentősebb település lehetett az 1338-ban még villának (falunak) titulált helység. A XIV. században a még köznemesi rangú Marczaliak Zsigmond király uralkodása idején kezdtek látványosan felemelkedni. Marczali Miklós erdélyi vajda lett. Fiai, Vajdafi Imre és János, koruk kiemelkedő hadvezéreként, diplomatájaként váltak ismertté. Marczali Imre Hunyadi János oldalán harcolt a várnai és a rigómezei csatában. Marczali János uralkodója iránti hűsége jutalmául elnyerte a horvát-szlavón báni méltóságot. A Marczali család gyarapodása jótékonyan befolyásolta a névadó település jövőjét. Marcalit 1448-ban már oppidum (mezőváros) elnevezéssel illette az egyik oklevél. Mezővárosi rangjáról szólnak az 1455-ben és az 1474-ben keltezett oklevelek is. TemplomA XV. századi Marcalinak temploma, várkastélya, iskolája volt. A mezővárosban élő polgárok és hospesek mindennapi életét az esküdtek szabályozták és a bíró irányította. Mátyás király uralkodása idején a kegyvesztetté vált Marczali család férfiágon kihalt, birtokaikat a Báthoryak örökölték, akik több mint száz évig a mezőváros földesurainak számítottak. A mohácsi csatavesztést követően Báthory András a barcsi, babócsai, zákányi és a marcali uradalmak birtokosa lett. Marcaliban ekkor 79 portát írtak össze, amellyel a megye leggazdagabb településének számított. 1532 és 1566 között háromszor esett el a vár és a város. Először Ferdinánd király fizetetlen zsoldosai dúlták fel, majd 1544 körül a török foglalta el a várkastélyt. A nemrég még virágzó mezővárosnak csak hat portája maradt a pusztítás nyomán. 1566-ban Szigetvár eleste pecsételte meg Marcali sorsát. Ezpetey Balázs marcali várkapitány Szigetvár védelmében esett el, a várkastély hátramaradt védői felgyújtották a marcali erősséget és elmenekültek.
1567-ben Marcali már biztosan használt pecsétet, mint az a Zichy család levéltárában fennmaradt iraton látható. A nyíllal átlőtt, csukott szárnyú madarat ábrázoló pecsétlenyomat alapján készült el a város mai címere. A hódoltság idején a koppányi szandzsák alá tartozó egyik nahie, tehát járási székhely. Az 1573-74-es török összeírás öt utcanevet sorolt fel és név szerint számba vette az ott lakó családfőket. A török kiűzését követően Marcaliban 150 fő élt, s a környékbeli falvak teljesen elnéptelenedtek. Várkastélya romokban állt, papja elmenekült, iskolája megszűnt. Az uradalmi összeírás szerint az egykori mezőváros birtokközpont volt csupán. Földesurai 1677-től a Széchenyi családból kerültek ki, akiknek köszönhető az uradalmi birtokközpont kiépítése. Széchényi Zsigmond az iskola, a plébánia és a templom rendbetételével újjáélesztette a falut. 1735-től itt tartották a megyegyűléseket, peres eljárásokat folytattak le, így gyakorlatilag a megyeszékhely funkcióját látta el a település 1749-ig. 1754-től 1820-ig, a Széchényi Ferenc nevével fémjelzett időszak Marcali történetének egyik legvirágzóbb szakasza. 1772-ben Mária Teréziától ismét mezővárosi rangot nyert a település; falai között német iparosok telepedtek le, új iskola és parókia épült. A Buda-Adria postaút egyik postakocsi állomása lett Marcali, és a régi majorházat kastéllyá bővítették a Széchényiek. A XIX. század elején Széchényi Pál örökölte a várost, aki iparpártolásával, a vásártartási jog bővítésével, valamint a németajkú családok gyermekei számára nyitott iskola alapításával segítette a gyorsuló ütemű polgárosodást. 1848 forrongó napjaiban Noszlopy Gáspár szolgabíró vonta magára az ország közvéleményének figyelmét. Noszlopy gerillacsapatával sikeresen támadta az előrenyomuló Jellasics utánpótlási vonalait és postaszállítmányát. 1849-ben Kossuth kihallgatáson fogadta a somogyi népfelkelők vezérét és az újonnan kinevezett kormánybiztos rövidesen megkezdte a megye felszabadítását. Április végén, a marcali piacon feltüzelt nép egyetlen kardcsapás nélkül elfoglalta Kaposvárt. Noszlopy Gáspár Világos után sem tette le a fegyvert. Újból szabadcsapatokat szervezett. Elárulták, a hadbíróság 1853-ban halálra ítélte és kivégezték. A szabadságharc leverését követően Marcali lakóit a Déli-Vasút építésének terve hozta lázba. Széchenyi István 1861-ben Marcalin keresztül tervezte elvezetni a Buda-Kanizsa-Adria vasút vonalát. Az elképzelés nem így valósult meg; Marcalin csak egy mellékvonal halad keresztül és ez napjainkig behatárolta a település fejlődését.
A nagyközségi rangú Marcalira a századfordulón kisvárosi életvitel volt jellemző. Különféle polgári egyesületek alakultak, heti- és havi lapok jelentek meg. Római katolikus iskoláját inkább a szegényebbek látogatták, míg a keresztény vagyonosok a gyermekeiket a zsidó iskolába járatták. A XX. század elején nyílt meg a fiatalok előtt a polgári iskola kapuja, melynek épületében ma is általános iskola működik. 1906-ban vették a birtokukba a marcali izraelita hívek a gyönyörű, új zsinagógát. Az épületet azóta lebontották, helyén gimnázium épült. Az első világháború érzékenyen érintette a nagyközséget. 246 fő esett áldozatul, amelyet tetézett a tanácsköztársaság bukását követő megtorlás. Prónay báró különítménye 25 fővel növelte az áldozatok számát. A két világháború közötti időben a városiasodás legjobb útján haladt Marcali. 1925-ben a petróleumlámpákat felváltotta a villanyvilágítás. A Fő utca polgári épületei a kisvárosi jelleget körvonalazták. Az ígéretes fejlődésnek a második világháború vetett véget. 1944 decemberétől 1945 március végéig elkeseredett harcok folytak a Margit-vonal mentén, amelynek Marcali is része volt. A háború utóvédharcai súlyos katonai és polgári veszteségekkel jártak. A II. világháborús emlékmű a korabeli lakosság tizedrészének nevét őrzi. 1945-ben megalakult a Nemzeti Bizottság, amelynek feladata volt, hogy a működő pártokból delegált tagjai politikai felügyeletet gyakoroljanak a községi bíró és a képviselőtestület felett. Az 1950-től létező helyi tanács 1968-tól körzeti tanáccsá vált Bize, Kelevíz, Boronka, Csömend, és Horvátkút bekörzetesítésével. 1970-től nagyközségi, 1977-től városi tanács lett (ekkor Csömend és Kelevíz kivált, Bize, Boronka és Horvátkút a városba olvadt. 1984-ig járási székhely szerepkörét is betöltötte. 1990-től Marcali Város Önkormányzatának választott testülete igazgatja, irányítja a település életét.
A Marcali múltjával és jelenével, környezetével kapcsolatos irodalom folyamatosan gyarapszik. Gál József helytörténeti kutatásainak és publikációinak köszönhetően 1983-tól napjainkig folyamatosan jelennek meg a helytörténeti füzetek (legutóbb - huszonötödikként - a Városmúlt képeslapokban). 1991-ben látott napvilágot Marcali története című monográfia első kötete Kanyar József szerkesztésében. A '90-es évek közepén a Marcali Földrajzosok Köre kiadványokat jelentetett meg a település természeti és gazdasági földrajzáról, a városkörnyék élővilágáról, látnivalóiról, amelyeket az oktatásban is hasznosítanak.
Marcali szülötte volt Bernáth Aurél (Marcali, 1895 - Graz, 1982) a festő és grafikus, a városi galéria névadója, Kozma Ferenc költő (Marcali, 1857 - Budapest, 1937), aki Bárd Miklós néven írta verseit. Öccse, Kozma Andor (Marcali, 1861 - Budapest, 1933) költő és publicista a Kisfaludy Társaság tagja, a MTA levelező tagja, 1910 - 1918 országgyűlési képviselő. Emléktábláját a Rákóczi és Kossuth utca sarkán találjuk. Lengyel József (Marcali, 1896 - Budapest, 1975) író, költő, újságíró volt. Hosszú ideig élt Moszkvában, két alkalommal száműzetésben, 1955-ben tért vissza Magyarországra. Mellszobra a múzeum előtt áll. Marczali Henrik (Marcali, 1856 - Budapest, 1940) történetíró, egyetemi tanár, a MTA levelező tagja ugyancsak innen indult. Emléktáblája a Hősök terén található. Tóth Ágoston Rafael (Marcali, 1895 - Graz, 1889.) hadmérnök, térképész, a MTA levelező tagja. Az 1848-49-es szabadságharcban ezredesként harcolt. Mellszobra a kórház melletti parkban látható.